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Les matières fécales sont la principale source de bactéries dans les eaux.
Coliformes totaux, coliformes fécaux, germes anaérobies sulfato-réducteurs, contrôle flore totale, entérobactéries...
Il existe des petits kits contenant 10 lames gélosées très simples d'utilisation permettant le contrôle bactériologique du milieu ambiant.